Im Zuge der nationalsozialistischen Machtübernahme wurde am 21. März 1933, dem „Tag von Potsdam“, aus Anlass der Eröffnung des Reichstags das Bündnis der neuen Führung mit dem „alten Preußen“ in der Garnisonkirche wirkungsvoll inszeniert. An die schrecklichen Folgen der NS-Herrschaft erinnern verschiedene Gedenkorte im städtischen Raum. Dazu gehören der Gedenkstein am Ort der 1938 zerstörten Synagoge am Platz der Einheit und der Grabstein für Zwangsarbeiter auf dem Babelsberger Goethe-Friedhof. Im Gebäude der heutigen Gedenkstätte Lindenstraße 54/55 erfahren die Besucher etwas über die Gegner des Nationalsozialismus, die hier bis 1945 inhaftiert waren. Am selben Ort verurteilte das „Erbgesundheitsgericht“ tausende Menschen zur Zwangssterilisation. Eine Dokumentation in der Henning-von-Tresckow-Straße zeigt, dass am Attentats- und Umsturzversuch vom 20. Juli 1944 zahlreiche Potsdamer Offiziere und Zivilisten beteiligt waren.

Potsdam in der Nachkriegszeit und der DDR

Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges entschieden im Sommer 1945 die Siegermächte USA, Sowjetunion und Großbritannien auf der Potsdamer Konferenz über die Zukunft Europas. Der damalige Tagungsort Schloss Cecilienhof ist heute ein Museum. In unmittelbarer Nähe riegelte die sowjetische Besatzungsmacht ein Wohnviertel in der Nauener Vorstadt ab. In diesem gesperrten „Militärstädtchen Nr. 7“ befand sich der Hauptsitz der militärischen Spionageabwehr mit zentralem Untersuchungsgefängnis in der Leistikowstraße. Dagegen lag das sowjetische Geheimdienst-Untersuchungsgefängnis für das Land Brandenburg sichtbar mitten im Stadtzentrum in der Lindenstraße. Es wurde ab 1952 vom Ministerium für Staatssicherheit der DDR übernommen. Beide Orte dokumentieren als Gedenkstätten verschiedene Aspekte der Repressionsgeschichte nach 1945.
Mit der Abriegelung von West-Berlin seit 1952 und dem Bau der Berliner Mauer 1961 wurde die Glienicker Brücke zum Symbol des Kalten Krieges. Der Berliner Mauerweg mit historischen Erklärungen und Ausstelllungen in dem Führungsturm am ehemaligen Grenzkontrollpunkt Drewitz sowie in der Villa Schöningen erinnern an die deutschen Teilung. Einen spezifischen Einblick in die ostdeutsche Lebenswelt bietet das Filmmuseum mit seiner Ausstellung und mit Filmen. Die Gedenkstätte Lindenstraße 54/55 zeigt, wie die friedliche Revolution im November 1989 das Ende der DDR in Potsdam einleitete.